Die neun Scheiben mit Szenen aus dem Leben von Cosmas und Damian stellen ein Meisterwerk der deutschen Glasmalerei von europäischem Rang dar. Es handelt sich um den ältesten erhaltenen Zyklus mit Darstellungen aus dem Leben dieser Heiligen überhaupt. Die spätromanischen Kunstwerke entstanden vor 1250, vermutlich außerhalb von Goslar und sind die mit Abstand bedeutendsten in Niedersachsen. Sie verdanken ihr "Überleben" einer wechselvollen Geschichte innerhalb des Kirchengebäudes. Da die Marktkirche den Heiligen Cosmas und Damian geweiht war, ist davon auszugehen, dass ihr Leben und Sterben an prominenter Stelle im Chorraum gezeigt wurde. Der ursprüngliche Standort dürfte daher eines der beiden seitlichen (zweibahnigen) Mittelfenster im romanischen Chor - neben einer zu vermutenden zentralen Christusdarstellung - gewesen sein, der vor 1300 einem Neubau weichen musste. Von 1941 bis 1948 waren die Kunstwerke in den Rammelsberg ausgelagert. 1953 wurden sie in einem Holzrahmen vor dem südwestlichen Chorfenster aufgehängt. Der "Dornröschenschlaf" der Fenster war 1973 beendet, als sowohl die Bedeutung als auch die Gefährdung der Scheiben durch Umwelteinflüsse entdeckt wurden. Es folgte in den Jahren 1974/75 eine grundlegende Restaurierung durch Gottfried Frenzel in Nürnberg. Heute hängen die Scheiben am Ort der ehemaligen romanischen Nordapsis.

Die Glasmalereien stellen im Wesentlichen das Martyrium der Heiligen Cosmas (Kosmas) und Damian dar. Die zahlreichen in der Literatur überlieferten Wunder sind nur angedeutet ("sie heilten"). Ganz offensichtlich fehlen ursprünglich vorhandene Szenen, vor allem Tod und Begräbnis der Heiligen. Der Künstler greift in seiner Gestaltung nicht auf die erst um 1265 entstandene volkstümliche Legendensammlung "legenda aurea" zurück. Die getrennte Darstellung der Martyrien durch Kreuz, Steine und Pfeile ist eine eigenständige Schöpfung des Künstlers der Goslarer Scheiben. Ursprünglich dürften es 14 Szenen gewesen sein, in einem zweibahnigen, siebenzeiligen Fenster angeordnet, darüber zwei spitzbogige Kopfstücke mit betenden Engeln. Einer dieser Engel ist erhalten und ziert heute das "Engelfenster" in der Südapsis. Nach dem Verlust fast aller zeitgenössischen Glasmalerei des niedersächsischen Bereichs ragen die Cosmas-und-Damian-Fenster als "einsames isoliertes Meisterwerk" (Kahsnitz) heraus.

Die wohl aus Syrien stammenden Cosmas und Damian sind historisch schwer fassbare Christen. Sie sollen im 3. Jh. als Ärzte an der Südküste Kleinasiens gewirkt haben. Ihr Merkmal ist, dass sie unentgeltlich heilten, was ihnen den Beinamen "Anargyroi" einbrachte. Sehr früh schrieb man ihnen immer neue Wunder zu. Sie wurden Opfer der römischen Christenverfolgung. Sie gelten als die Schutzheiligen der Kranken, der Ärzte und der Apotheker.

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